概要
本作は原作の連載終了の目途も立っていない時期に制作されており、毎週放送では原作に追いついてしまうため、原作者である荒川弘の意向によって、ほとんどのストーリーや世界観、登場人物の設定などが異なるアニメ独自の完全オリジナルストーリーとなっている
そのため原作の名残は、少年期であるエルリック兄弟の人体錬成のシーンのみにとどまっており、それゆえに原作第7巻以降の登場人物は登場せず、本作オリジナルの登場人物も多い。いわゆる物語の“黒幕”となる存在やその目的、主人公達が迎える物語の結末も原作とは完全に異なる。
ストーリー
錬金術が科学として発達した世界にある軍事国家「アメストリス」。そこで、幼い頃から共に卓越した錬金術の才能を持っていたエドワード・エルリック（エド）と弟のアルフォンス・エルリック（アル）は、病気で亡くした母を錬金術で最大の禁忌とされる「人体錬成」によって蘇らせようと試みるが失敗し、エドはその代償として自らの左脚を、アルは自らの全身を失ってしまう。エドはとっさの判断で自らの右腕を代償にアルの魂をその場にあった全身鎧に定着させ、なんとか弟を死の淵から救い出す。しかし、エルリック兄弟が失ったものはあまりにも大きかった。
リスト
第1話 太陽に挑む者
第2話 禁忌の身体
第3話 おかあさん…
第4話 愛の錬成
第5話 疾走!?機械鎧オートメイル
第6話 国家錬金術師資格試験
第7話 合成獣キメラが哭く夜
第8話 賢者の石
第9話 軍の狗いぬの銀時計
第10話 怪盗サイレーン
第11話 砂礫の大地・前編
第12話 砂礫の大地・後編
第13話 焔 vs 鋼
第14話 破壊の右手
第15話 イシュヴァール虐殺
第16話 失われたもの
第17話 家族の待つ家
第18話 マルコー・ノート
第19話 真実の奥の奥
第20話 守護者の魂
第21話 紅い輝き
第22話 造られた人間
第23話 鋼のこころ
第24話 思い出の定着
第25話 別れの儀式
第26話 彼女の理由
第27話 せんせい
第28話 一は全、全は一
第29話 汚れなき子ども
第30話 南方司令部襲撃
第31話 罪
第32話 深い森のダンテ
第33話 囚われたアル
第34話 強欲の理論
第35話 愚者の再会
第36話 我が内なる科人トガビト
第37話 焔の錬金術師 戦う少尉さん 第十三倉庫の怪
第38話 川の流れに
第39話 東方内戦
第40話 傷痕
第41話 聖母
第42話 彼の名を知らず
第43話 野良犬は逃げ出した
第44話 光のホーエンハイム
第45話 心を劣化させるもの
第46話 人体錬成
第47話 ホムンクルス封印
第48話 さようなら
第49話 扉の向こうへ
第50話 死
第51話 ミュンヘン1921